Du 29 avril au 06 mai 2024, le Centre Suisse de Recherches Scientifiques en Côte d’Ivoire (CSRS) a abrité une formation en séquençage métagénomique de nouvelle génération. Elle a vu la participation d’une dizaine de chercheurs venant de la Côte d’Ivoire, de la Guinée et du Mali. Ils représentaient le CSRS, l’Institut Pasteur de Côte d’Ivoire (IPCI), l’Institut National de Santé Publique (INSP) de la Guinée et du Centre pour le Développement des Vaccins (CDV) du Mali. Pendant une semaine, ces chercheurs ont été formés sur le séquençage métagénomique et l’analyse bio-informatique.

Le séquençage est un procédé qui permet de décoder l’information génétique contenue dans l’ADN. Il existe plusieurs techniques de séquençage. L’une des plus récentes est le séquençage nouvelle génération (NGS). Dans un article publié en 2023 dans la revue Frontiers in microbiology, Dr Kanny Diallo, chercheur associé au Centre Suisse de Recherches Scientifiques en Côte d’Ivoire (CSRS), affirme que les NGS « permettent une étude approfondie des génomes des communautés microbiennes. » Les NGS ouvre un vaste champ de possibilité ou d’application pour diagnostiquer les maladies. Cela à travers plusieurs caractéristiques notamment le séquençage de nouvelle génération qui implique le séquençage massif, en parallèle de millions de fragments d'ADN, fournissant de vastes quantités de données. En dépit des avantages que les NGS offrent à la santé publique, son accès reste limité dans les pays à moyen et faible revenu. À bien d’égard, un renforcement de capacités s’impose. C’est à juste titre que la Fondation Bill et Mélinda Gates s’est associée avec le bio hub Chan Zuckerberg et l’initiative Chan Zuckerberg en vue de soutenir des initiatives visant à offrir des formations spécialisées en séquençage métagénomique.

Au CSRS, le projet « Étiologie réel de la méningite en Afrique de l’Ouest » est financé dans le cadre de l’initiative Grand Challenges métagénomiques, dans le cadre du partenariat entre la Fondation Bill et Mélinda Gates, le bio hub Chan Zuckerberg et l’initiative Chan Zuckerberg.

L’objectif du projet est d’appliquer une approche métagénomique non biaisée pour dépister simultanément de multiples agents pathogènes connus pour causer la méningite (bactéries, virus, champignons ou parasites) et identifier de nouveaux agents non encore découverts. « Pour ce faire, une attention particulière est accordée au séquençage. Toutefois, cela nécessite un renforcement de capacités en vue de permettre aux chercheurs des pays où nous intervenons à savoir le Mali, la Guinée et la Côte d’Ivoire en vue de tirer profit des dernières technologies de pointe en matière de séquençage », affirme Dr Kanny Diallo.

Habiboulaye Dembélé, un participant venu du Mali ne cache pas sa satisfaction d’avoir participé à cette formation. « Nous avons beaucoup appris durant cette semaine. Cela nous donne plus de compétences pour améliorer la qualité de notre travail dans nos différentes institutions. »

Emmanuel Dabo/AOA